La Reserva de Cuyabeno se localiza en el nororiente de Ecuador, en la provincia de Sucumbíos, cantones Cuyabeno, Putumayo y Lago Agrio y una pequeña porción en la provincia de Orellana, cantón Aguarico, entre las cuencas de los ríos San Miguel y Aguarico, uno de los principales afluentes del río Napo. Presenta una temperatura promedio de 25° C. Al interior de la Reserva se encuentran, las cuencas de los ríos Sábalo, Pacuyacu, Yanayacu y Cuyabeno.
Este es el sistema lacustre más
visitado dentro de la Reserva e incluye aproximadamente unas 14 lagunas
interconectadas entre sí y difíciles de diferenciar cuando el área está
inundada. Los sitios con mayor flujo turístico son la Laguna Grande,
Caimancocha, Patococha y la Quebrada de la Hormiga. El agua de la
laguna es de coloración obscura por la descomposición de material
orgánico vegetal; es de destacar que a pocos metros al norte de este
sector atraviesa la línea equinoccial. Existen aquí tres senderos que se
internan en el bosque tropical: la hormiga, saladero de dantas y palma
roja.
Laguna de Zancudococha (Iriparí): Su nombre
no se debe a la abundancia de mosquitos en la laguna, sino más bien a un
mal entendido: el nombre indígena de la laguna es "soncora¥", que para
los Sionas y Secoyas quiere decir "laguna del pequeño pez que llamamos
son¥co", lo que al oído mestizo sonó de alguna manera como "zancudo".
Abarca desde la desembocadura de la quebrada Zancudo en el río Aguarico,
su drenaje natural, hasta el cuerpo de agua de la laguna propiamente.
Es la laguna de aguas negras más grande y redonda de la Amazonia
ecuatoriana; en esta zona del río Aguarico la selva está bien conservada
siendo posible observar mucha fauna de río, especialmente al delfín
rosado de la amazonía. Desde Zancudo, existe una trocha militar que
conduce hacia el río Tiputini y varios otros senderos interesantes que
serpentean por la selva. Así mismo existe una torre de observación,
Sacha Urcu, que mide 18 m. de alto y permite ver con una nueva óptica
los distintos estratos del bosque.
Complejo del Río Lagarto: Está
formado por el río Imuya, la Laguna de Imuya, el Río Lagarto y las
lagunas Redondococha, Delfincocha y Lagartococha, más otras numerosas
lagunas menores. Esta zona forma parte de un enorme conjunto de lagunas
y ríos más grande (10.000 hectáreas aprox.) que es compartido con el
Perú. Aquí existe un sendero de ocupación tradicional en el río
Aguarico, en el sitio denominado Huagrahurco, que conduce hacia la
quebrada Imuya. Esta zona cuenta con una gran diversidad faunística y
florística, constante de toda la Reserva. En particular es posible
observar delfín rosado en el Río Lagarto y manatíes, ocasionalmente, en
la Laguna de Imuya, además de gran cantidad de ruidosos loros
multicolor.
Río Cuyabeno: Este río, que da su
nombre a la Reserva, es de gran atractivo; al navegar por él se puede
observar gran cantidad de pantanos, lagunas y zonas de inundación
temporal. La vegetación es abundante al igual que la fauna. El sector
más visitado está comprendido entre las Lagunas de Cuyabeno y las Playas
de Cuyabeno; en quillas a remo es posible internarse en ríos pequeños
de aguas negras que desembocan en este río y observar de cerca caimanes y
tortugas, especialmente en salidas nocturnas.

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